Командная строка есть. Параметры можно прочитать, например, здесь: http://www.bodro.org.ua/info/innosetup
Действительно, не сочли нужным описывать в справке пользователя - исправимся.
Еще, действительно, можно использовать wsus - но, насколько я помню, он лицензируется отдельно и стоит недешево.

Всё будет хорошо, я узнавала =)