В ответ на: Не очень принципиальный вопрос, но тем не менее - система с флешки видит только локальные диски, но не видит другие флешки. Это исправимо?

Предположу: скорее всего доустановкой в образ нужных драйверов материнки.

Кстати, я не понял: вы непременно какую-то свою Windows хотите собрать? готовый образ Live-CD не подойдёт? их же тьма, и с флешками проблем нет.
Или у вас какая-то особенная виндовс?