В интернетах пишут, что 2,0 не работает на Win9x, поддерживает Юникод и выпускается как freeware.
А что вы имели ввиду под "поддерживает две версии одновременно"?
У вас такая красивая машина. Это Ферарри? - Не, это Фольксваген Поло.
Версия 1.75 по существу не поддерживается. Там изредка фиксятся некоторые лёгкие баги, не требующие больших трудозатрат и изменения кода (как правило в последнее время только в том случае, если аналогичный фикс сделан в версии 2.0 и не требует специальной переделки для 1.75).
Основное отличие, во-первых, в лицензии. Во-вторых, в открытости кода 2.0. В-третьих, поддержка юникода в 2.0. Это то, что на поверхности.
То, что обычному пользователю с первого взгляда не видно: разработка и дальнейшее развитие 2.0 идёт активно. Видимым проявлением этого для простого пользователя является во многих случаях необходимость тщательнее следить за выбором конкретных версий плагинов.
Версия 2.0 уже давно достаточно стабильна и работоспособна, поэтому если нет очень веских причин оставаться на версии менеджера файлов, который даже не умеет полноценно копировать файлы, то надо ставить именно 2.0. Кроме того, в наше время борьбы с пиратством и за лицензионную чистоту ПО, лицензия версии 2.0 даёт лишний плюс именно в пользу этой версии.